Stjórn fyrirtækisins skipa 5 aðalmenn, kosnir til eins árs í senn á aðalfundi. Stjórn kýs sér formann og varaformann úr hópi stjórnarmanna. Stjórn Ölgerðarinnar Egils Skallagrímssonar hf. starfar eftir ákveðnum og skýrum starfsreglum. Fyrirtækið er hlutafélag og fylgir þeim lögum og reglum sem um slík félög gilda. Undirnefndir stjórnar eru starfskjaranefnd og endurskoðunarnefnd. Framkvæmdastjórn Ölgerðarinnar er skipuð framkvæmdastjórum starfssviða félagsins ásamt forstjóra.